Фамилия Швобене — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить очевидные, но ложные ассоциации с немецким словом «шваб» (житель Швабии), то ключ к разгадке даёт окончание. Суффикс «-ене» совершенно нехарактерен для русских фамилий. Он указывает на литовское или латышское влияние: в балтийских языках так образуются фамилии женского рода (например, литовские Ядвяга-Ядвигене). Мужской вариант в этой модели звучал бы как Швобенас или Швобенис.

Основа «Швоб-» — скорее всего, искажённое западноевропейское прозвище или имя. В литовских и латышских говорах так могли передавать немецкую фамилию Schwabe (Швабе) или польскую Szweba. В таком случае предок носителя фамилии был либо выходцем из немецких земель, либо поляком, которого за характерный говор или внешность дразнили «швабом». Вторая версия, менее вероятная, но возможная: «швоб» — это диалектное обозначение сводника или скомороха в некоторых говорах западных губерний, но письменных подтверждений этому почти нет.

Географически фамилия Швобене тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: территории современной Литвы, Латвии, а также бывшей Ковенской и Виленской губерний. В метрических книгах XIX века такие фамилии встречались у крестьян и мещан, чьи предки получили прозвище при переходе на оседлость или при записи в ревизские сказки. Сословной принадлежности одной не было: Швобене могли быть и католиками, и лютеранами, и православными — в зависимости от того, в какой среде закрепилось прозвище.

В современной России фамилия остаётся крайне редкой. Поскольку балтийский суффикс «-ене» закрепился за женщинами (в Литве до сих пор так образуют девичьи и замужние фамилии), можно предположить, что первоначально Швобене — это форма женского рода, а мужская линия носила фамилию Швобенас. Но в русских документах, где половые окончания часто путали или унифицировали, закрепился именно этот вариант.