Фамилия Швондервякин — редкий случай, когда литературная основа почти наверняка перевешивает реальное прозвище или профессию. В русском языке нет слова «швондер» с устоявшимся бытовым значением, зато есть персонаж Михаила Булгакова — Швондер, председатель домкома из «Собачьего сердца». Повесть вышла в 1925 году, и фамилия мгновенно стала нарицательной для агрессивного бюрократа-нувориша. Если Швондервякин — не плод советской эпохи (а такое бывает: люди брали фамилии по любимым книгам или в насмешку), то перед нами вторичное образование. Первичная фамилия Швондеров или Швондеркин встречается, но крайне редко, и её носители, скорее всего, потомки тех, кто в 1920–30-е годы «примерил» булгаковский образ.

Словообразовательная модель проста: суффикс -як- (сравните: бродяга — Бродягин, Швондер — Швондеряк) и далее типичный -ин, указывающий на принадлежность: «сын Швондеряка». Суффикс -як в фамилиях часто придаёт оттенок пренебрежительности или указывает на характерный признак («кривляка», «гуляка»). То есть Швондервякин буквально — «потомок того, кого прозвали Швондеряком», то есть мелким, суетливым начальником или нахалом.

Есть, однако, и другая, менее заметная версия. В некоторых говорах «швондер» могло быть искажением слова «швандер» — так в южнорусских диалектах называли бродягу или беспутного человека. Но эта гипотеза не подкреплена ни словарями, ни этнографическими записями. Булгаковское происхождение остаётся основным: фамилия Швондервякин — практически стопроцентный маркер советского времени, когда литературные образы переходили в реальные документы.

Географически фамилия не привязана к конкретной области — её носители рассеяны по бывшему СССР, и почти все они, вероятно, родом из городов, где книжная культура была сильна. Сословного прошлого у фамилии нет: она не могла возникнуть у крестьян или дворян до XIX века. Это поздняя, искусственная конструкция, которая тем не менее закрепилась в паспортах и сейчас воспринимается как обычная русская фамилия с характерным окончанием -ин.