Фамилия Шыбагшарчёнко — редкий случай в русской ономастике, где сразу бросается в глаза необычная основа. Если отбросить типичный украинский суффикс -ёнко (указывающий на потомка, «маленького» или сына), остаётся корень «Шыбагшарч-». Он не имеет славянских корней и явно заимствован. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое, в свою очередь, произошло от тюркского или монгольского слова.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским «шыбаг» (или «шыбақ») — «прут», «хлыст», «розга». Вторая часть, «шар», может означать «шар», «круг» или восходить к глаголу со значением «месить», «смешивать». Однако в сочетании «шыбагшар» напрашивается параллель с монгольским «шивэгч» (стрелок из лука) или тюркским «шабар» (гонщик, посыльный). Учитывая суффикс -ч, который в тюркских языках образует названия профессий, «Шыбагшар» могло быть прозвищем мастера по изготовлению прутьев, стрел или же скорохода-гонца.

Фамилия Шыбагшарчёнко указывает на украинское происхождение носителя: суффикс -ёнко характерен для центральных и левобережных областей Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). Вероятно, предок, носивший прозвище Шыбагшар, переселился или был сослан из степных или азиатских регионов, где и получил «украинский» суффикс от местного населения. Фамилия могла закрепиться в среде запорожских казаков, которые нередко перенимали прозвища у татар или ногайцев.

Важно отметить, что написание через «ы» (Шыбагшар-, а не Шибагшар-) — архаичное или диалектное. В XIX веке буква «ы» после шипящих и «ш» встречалась в украинских и южнорусских говорах чаще, чем сейчас. Это дополнительный маркер того, что фамилия фиксировалась на слух в среде, где твёрдое произношение шипящих было нормой.

Других версий, объясняющих основу через славянскую лексику, нет. Слово «шыбагшар» не имеет аналогов в русских или украинских говорах. Поэтому можно с высокой долей уверенности говорить, что фамилия Шыбагшарчёнко — это гибрид: тюркское (или монгольское) прозвище, переоформленное по украинской модели.