Фамилия Шыкера — редкая и нестандартная для русского языка. Её главная особенность — отсутствие типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Перед нами так называемая «застывшая» форма, чаще всего встречающаяся у украинских, белорусских или польских фамилий, а также у фамилий, образованных от прозвищ без дополнительного оформления.

Основа фамилии — слово «шыкера». Скорее всего, это диалектный или искажённый вариант слова «шикара» или «шикер». В южнорусских и украинских говорах «шикарь» или «шикер» — человек, который любит шик, щеголь, франт, модник. Человек, который одевается богато и вызывающе, мог получить прозвище Шыкера. Ударение, вероятно, падает на первый слог или на второй — в зависимости от местной традиции произношения, что характерно для фамилий такого типа.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В крымскотатарском и турецком «şeker» означает «сахар». Прозвище Шекер (Шыкер) могли дать человеку со сладким, приятным характером или, наоборот, иронично — приторному льстецу. Форма Шыкера с окончанием -а могла возникнуть при адаптации тюркского имени на славянской почве (ср. фамилии Шайхра, Шайхетдинов, где конечное -а — результат обрусения).

Географически фамилия Шыкера тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи: Украина, Беларусь, юг России. Встречается она исключительно редко, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека, которое закрепилось за его потомками в одном-двух сёлах.

Таким образом, предок по фамилии Шыкера, скорее всего, был либо заметным щёголем и модником, либо (по тюркской версии) человеком с мягким характером. Сама фамилия — живое свидетельство того, как прозвище, данное по внешности или нраву, может пережить века почти без изменений.