Фамилия Шыныбекова — женская форма, а мужской вариант Шыныбеков. Её основа — тюркское мужское имя Шыныбек, которое состоит из двух частей. Первая, «шыны», восходит к казахскому слову «шын» — «правда, истина, действительность». Вторая часть, «бек», — это древний тюркский титул, означающий «господин, князь, правитель». В составе личных имён «бек» указывал на знатность, принадлежность к военной или родовой аристократии. Таким образом, имя Шыныбек можно перевести как «истинный (правдивый) господин» или «князь правды».

Фамилия образована по русской патронимической модели с помощью суффикса -ов, который в тюркоязычной среде (особенно у казахов, киргизов, узбеков) в XIX–XX веках массово присоединяли к отцу-имени при оформлении официальных документов. Суффикс -а в конце — стандартное окончание русских фамилий для женщин. Так что Шыныбекова буквально означает «дочь (или жена) Шыныбека».

Фамилия почти наверняка казахского происхождения. В Казахстане имена с компонентом «бек» особенно распространены среди старшего поколения, а фамилии на -ов стали нормой после переписи 1897 года и активнее всего закреплялись в советское время. Встречается она и у киргизов, но реже — в киргизском языке ударение и произношение имени смещаются, хотя корень тот же.

В отличие от многих фамилий с прозрачной географией или сословной историей, Шыныбекова не даёт подсказок о конкретном ремесле или месте жительства предков. Её ценность — в имени-основе, которое несёт пожелание честности, правдивости и уважения. Судя по титульной части, предки носителя фамилии могли быть из среды степной знати — биев, старшин или зажиточных скотоводов, хотя к XX веку социальные границы стёрлись, и фамилию носили люди разного достатка.