Фамилия Шыпекогов — редкий случай, когда сразу бросается в глаза необычное сочетание букв «шы» в начале. Это почти стопроцентный маркер тюркского или кавказского происхождения, адаптированного к русской грамматике. В исконно русских фамилиях такое сочетание не встречается, поэтому корни фамилии нужно искать в языках, где звук «шы» обычен, — в адыгских (черкесских), тюркских или, возможно, в иранских.

Основа фамилии — «Шыпек». Это может быть искажённое тюркское слово «шипек» (в некоторых диалектах — «шепек»), означающее «щепка», «стружка» или «мелкая частица». В таком случае прозвище Шыпек могли дать человеку худощавого телосложения, либо, по контрасту, мастеру по дереву, который работал с мелкими деталями. Вторая версия отсылает к адыгскому (черкесскому) слову «шыпэ» — «передняя часть» или «нос». Тогда «Шыпек» — это человек с выдающимся носом или, в переносном смысле, тот, кто идёт впереди, заводила.

Формант «-ов» в конце — типичный русский патронимический суффикс, который добавили при русификации фамилии. Он отвечает на вопрос «чей?»: Шыпекогов — сын Шыпека. Обратите внимание на суффикс «-ог-» перед окончанием. В русских фамилиях он редок и обычно указывает на адаптацию нерусской основы, где «-ог» могло быть частью исконного слова или показателем принадлежности в языке-источнике. Например, в украинских фамилиях на «-ог» (Борог, Шепог) этот элемент мог означать «рог», но для фамилии Шыпекогов такое объяснение натянуто.

Географически фамилия могла закрепиться на Северном Кавказе (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия) или в среде терских казаков, которые контактировали с горскими народами. Также след ведёт в Поволжье, где жили татары, мишари и башкиры, у которых фамилии на «-ов» с основой на «ш» — обычное дело.

Сословный состав предков определить сложно из-за редкости фамилии. Скорее всего, Шыпекоговы были выходцами из крестьян или казаков, получивших фамилию по прозвищу отца. Версия о дворянском происхождении маловероятна — в родословных книгах такая фамилия не встречается. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель фамилии Шыпекогов почти наверняка имеет предков, говоривших на одном из языков, где слово «шыпек» было понятным и распространённым прозвищем.