Вероятно, фамилия Шюпенюс образована от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от литовского слова šiupinys – «окрошка, смесь» или глагола šiupinti – «крошить, дробить». Следовательно, прозвище Шюпенюс могло относиться к числу «профессиональных» именований. Возможно, так называли человека, который по роду занятий занимался дроблением чего-либо, измельчением (например, мельника). Менее вероятно, что фамилия Шюпенюс образована от прозвища Шупеня. Возможно, оно связано с украинским глаголом «шупити» - «понимать», который бытует и в некоторых диалектах русского языка в форме «шупить» и означает «знать, ведать, понимать». Вероятнее всего, Шупеней прозвали умного, сообразительного, грамотного человека или знахаря, ведуна.