Фамилия Шыйко звучит редко, и это сразу подсказывает, где искать её корни. Модель образования на -ко — яркая примета украинской или белорусской ономастики, особенно распространённая на западе и в центральных областях Украины. Суффикс -к-о в фамилиях часто выполнял уменьшительную или «сыновью» функцию: Шыйко — это буквально «маленький Шый» или «сын Шыя».

Основа фамилии — Шый — прозрачно отсылает к слову «шия» (украинское «шея»). В украинских говорах «ший» или «шия» могло быть прозвищем человека с длинной, тонкой или, наоборот, короткой шеей, либо того, кто носил характерный головной убор или имел привычку вытягивать шею. Такие прозвища по частям тела — обычное дело в народной антропонимии: они цепкие, меткие и легко переходили в фамилии.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает Шыйко с диалектным глаголом «шити» (шить). В этом случае прозвище Шый мог получить портной или человек, занимавшийся пошивом одежды. Однако фонетика против этой гипотезы: в украинском языке глагол «шити» дал бы форму Шийко (от «ший» — повелительное наклонение), а не Шыйко. Твёрдый ы в корне указывает именно на существительное «шия» (шея) или на заимствование из белорусских говоров, где «шыя» произносится с твёрдым звуком.

Географически фамилия Шыйко сегодня встречается в основном в Черниговской, Сумской и Полтавской областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии числились в основном среди казаков и крестьян Черниговской губернии. Сословной элиты среди Шыйко не было — фамилия осталась в среде сельских тружеников, что типично для прозвищ, образованных от внешних признаков.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия избежала русификации через суффикс -ов: не Шыйков, а именно Шыйко. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в письменных источниках уже в украинской фонетической форме и не была переделана под московские канцелярские стандарты. Для носителя фамилии Шыйко это хорошая зацепка: предки почти наверняка жили на территории современной Украины или юга Беларуси, а их прозвище родилось из простого и точного наблюдения за внешностью.