Фамилия Сиаков — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит топоним Сиа, точнее — название реки Сия (в старом написании и произношении «Сиа»). Это правый приток Северной Двины в Архангельской области, протяжённостью около 40 километров. Житель с берегов Сии получал прозвище Сиак — «человек с Сии», а его потомки становились Сиаковыми. Модель образования проста: прозвище на -ак (ср. пермяк, сибиряк) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов.

Суффикс -ак в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на человека по месту жительства или характерной черте. Здесь он выполняет именно первую функцию. Если версия верна, предки носителя фамилии были выходцами из Поморья, скорее всего — крестьянами или рыбаками из бассейна Северной Двины. Фамилия могла закрепиться, когда человек перебрался в другой уезд или город: земляки запомнили его как «того самого сиака».

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: от тюркского имени Сияк (встречается у башкир и татар) с тем же суффиксом -ов. Но против этого говорит отсутствие массового бытования фамилии в Поволжье и на Урале. По современным данным, основное гнездо Сиаковых — именно Архангельская область и соседние регионы Русского Севера. Встречаемость фамилии крайне низкая, что только подтверждает её локальное происхождение.

В написании важно не путать с фамилией Сияков (от имени Сия или от слова «сияние») — это разные корни. Сиаков пишется через «а» и сохраняет ударение на втором слоге: Сиа́ков. В дореволюционных метрических книгах могла фиксироваться как Сиаковых, с окончанием, типичным для северных говоров.