Фамилия Сиксаев звучит редко и неочевидно, но её происхождение укладывается в простую и типичную для русского Севера модель. Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Сиксак, Сиксай. В русских говорах слово «сиксак» или «сикса» имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них стало фамильным, нужно заглянуть в региональную лексику.

Самая вероятная версия связывает Сиксаева с диалектным «сикса» — так в архангельских и вологодских землях называли мелкую рыбу, чаще всего снетка или ряпушку. Прозвище Сиксак могли дать либо рыбаку, промышлявшему этой рыбой, либо человеку невысокого роста, щуплому или верткому — по аналогии с мелкой рыбёшкой. Такие прозвища по рыбе встречаются в поморских фамилиях: Навагин, Тресков, Корюшкин. В этом ряду Сиксаев стоит особняком, потому что слово «сикса» уже вышло из широкого употребления и сохранилось только в местных говорах.

Суффикс -ев указывает на русскую патронимическую модель: Сиксаев — «сын Сиксая». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Сиксáев. В некоторых говорах «сиксой» называли также скупого или прижимистого человека, но эта версия менее распространена и хуже подтверждается словарями. Спорный вариант — от тюркского «сиксан» (восемьдесят), но он маловероятен: фамилия нехарактерна для тюркоязычных регионов, а её ареал (северные области России) указывает на чисто русское, диалектное происхождение.

В документах фамилия встречается крайне редко, в основном в Архангельской области и в бывших северных уездах Вологодчины. Это не дворянская и не крестьянская фамилия в привычном понимании — скорее всего, она принадлежала государственным крестьянам или посадским людям Русского Севера, где прозвища по рыбе и промыслу были обычным делом. Таким образом, предки Сиксаевых — поморы или жители северных рек, люди, чья жизнь была тесно связана с рыболовством.