Фамилия Силоенко звучит на украинский лад — её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына такого-то» на Левобережной и Слободской Украине. Такие фамилии закреплялись за казацкой старшиной, мещанами, а позже и за крестьянами после переписи. Основа здесь — Сило, и это, скорее всего, не полное имя, а прозвище или сокращение от крестильного имени.

Самый прямой путь — от имени Сила, которое в святцах встречается как Сила (апостол от семидесяти). В быту имя могли произносить как Сило, особенно в южнорусских и украинских говорах, где конечный -а в разговорной речи иногда отпадал или переходил в -о. Тогда Силоенко — «сын Силы». Вторая версия — от прозвища Сило, которое давали человеку сильному, крепкому, возможно, с намёком на библейское «сила» (в значении «мощь»). Но здесь осторожность: в украинском языке слово «сило» — это орудие (силок, петля), так что прозвище мог получить и ловчий, птицелов. Однако такая трактовка менее вероятна: фамилий на -енко от названий орудий почти не образуют, основа чаще личная.

Любопытна и параллель с фамилией Силенко — она встречается чаще и тоже украинская. Силоенко — её более редкий вариант, где ударение, судя по произношению, падает на второй слог: Силоéнко. Это могла быть локальная особенность письменной фиксации: в метрических книгах писарь мог записать фамилию на слух, и гласная -о- вместо -е- (Силоенко вместо Силенко) закрепилась в документах. Такие случаи не редкость в XIX веке, когда фамилии ещё не устоялись.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям Украины: Черниговщина, Полтавщина, Сумщина. В России она редка, встречается в основном среди потомков переселенцев с Украины. Сословно носители могли быть как казаками, так и крестьянами — суффикс -енко не указывает на знатность, но и не исключает её. Если предок был из казацкой старшины, фамилия могла писаться с буквой «ѣ» (Силоенко) или через «i» в дореволюционных записях, но это уже детали архивного поиска.