Фамилия Сименченко отвечает на вопрос «чей ты?» и принадлежит к распространённой модели украинских фамилий на -енко. Такой суффикс в XVI–XVII веках закрепился на территории современной Украины как обозначение потомка: Сименченко — буквально «сын Симена», «маленький Симен». Основа фамилии — Симен, народная форма крестильного имени Симон, которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского Симон означает «внимающий» — так называли человека, который слышит и внемлет Богу. В евангельской традиции этот вариант имени носил апостол Симон, прозванный Кананитом, а в греческой передаче — Зилотом, то есть «ревнителем» веры.

Вторая версия происхождения основы — от имени Симеон, которое тоже восходит к древнееврейскому и переводится как «услышанный Богом в молитве». Эта гипотеза менее правдоподобна: в народной среде формы Симен и Симон сливались чаще, чем Симен и Симеон, хотя полностью исключать её нельзя. В бытовой речи оба имени давали одинаковые уменьшительные формы, поэтому часть семей с фамилией Сименченко могла вести родословную от Симеона.

Фамилия Сименченко — типичный пример патронимической фамилии, которая закрепилась за потомками человека по имени Симен. Носители такой фамилии в большинстве своём происходили из крестьянской или казацкой среды, где отчество на -енко было естественным способом обозначить принадлежность к роду. Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда переселенцы приносили свои фамилии в XVIII–XIX веках. От той же основы образованы родственные фамилии Сименко, Сименов, Сименчук — все они указывают на общего предка с именем Симен или Симон.