Фамилия Синушкина — женская форма, а её основа лежит в мужском варианте Синушкин. Эта фамилия образована по самой распространённой в русском языке модели: с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. В буквальном смысле Синушкин — это «сын Синушки» или «человек из семьи Синушки». А Синушка — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Синай или Синесий.

Имена Синай и Синесий — греческого происхождения. Синай восходит к названию библейской горы, а Синесий (от греческого «синесис» — разум, понимание) в православных святцах встречался редко, но был известен. Уменьшительная форма «Синушка» образована с помощью типичного русского суффикса -ушк-, который придаёт имени ласковый, бытовой оттенок. Такие формы в старину были повседневными: полное имя использовали в церкви и официальных бумагах, а дома человека звали Синушкой.

Есть и другое, более прозаичное объяснение. В некоторых говорах «синушка» — это народное название растения (синюха голубая) или даже прозвище человека с синюшным, бледным цветом лица. Но эта версия менее вероятна: прозвища по цвету кожи обычно образовывались от прилагательных (Синяк, Синюк), а форма с суффиксами -ушк- и -ин характерна именно для производных от имён.

Фамилия Синушкин — редкая. Она не принадлежала знати и не встречается в старинных боярских списках. Скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди из центральной России или Поволжья, где были распространены греческие имена в народной обработке. Встретить её можно среди однокоренных: Синайский, Синельников, Синявин, — но Синушкин стоит особняком из-за своего ласкательного суффикса, который сразу выдает неформальное, домашнее происхождение.