Фамилия Сиотченко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок». В основе фамилии лежит имя или прозвище Сиотка, а оно, в свою очередь, скорее всего, образовано от крестильного имени Иосиф. В народной украинской речи имя Иосиф часто сокращали до форм Осип, Сип, а затем и до Сиотка — через добавление уменьшительно-ласкательного суффикса -отк-/-отк-. Таким образом, Сиотченко — это «сын Сиотки», то есть потомок человека, которого в быту звали ласково Сиоткой вместо полного Иосифа.

Менее распространенная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем от диалектного глагола «сіоти» (сечь, рубить). В таком случае Сиотка мог быть прозвищем лесоруба, дровосека или человека с резким, рубящим характером. Однако связь с именем Иосиф более типична для украинских фамилий, где суффикс -енко чаще присоединялся именно к личным именам, а не к прозвищам от действий.

Фамилия редкая, не входит в списки распространенных украинских фамилий. Ее география, скорее всего, ограничена центральными и восточными областями Украины, где модель на -енко была особенно активна. В России фамилия встречается единично, как след переселенцев с Украины в XVIII–XIX веках. Сословного барьера у фамилии нет: Сиотченко мог быть и крестьянином, и казаком, поскольку суффикс -енко в равной мере использовался всеми слоями украинского общества.