Фамилия Сипонина — женская форма, мужская — Сипонин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Сипоня. Такие имена на -оня в старину давали по характерной черте человека: Сипоней могли назвать того, кто шёпотом говорит, сипит, или, наоборот, того, кто издаёт резкий свистящий звук. Глагол «сипеть» в русских говорах имел и переносное значение — «брюзжать, ворчать», так что прозвище могло относиться к человеку с недовольным голосом.

Модель образования проста и типична для северных и центральных областей России: к основе Сипоня добавили патронимический суффикс -ин, означающий «сын Сипони», «из семьи Сипони». Фамилии на -ин в этой зоне встречаются так же часто, как на -ов, и указывают на принадлежность к роду по отцу. Мужская форма Сипонин в быту могла сокращаться до Сипонич, а женская Сипонина — до Сипониха.

В документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Основной ареал — Вологодская, Кировская области и Пермский край, где говоры сохранили слово «сипоня» в значении «шептун» или «тихоня». В некоторых диалектах так называли ещё и плохого, надтреснутого голоса певчего или птицу с сиплым криком — отсюда могло пойти прозвище для человека с глуховатым голосом.

Сравните с однокоренными фамилиями: Сипягин, Сипкин, Сипунов. У всех одна основа — звукоподражательное «сип-», но разные суффиксы: -яг(а), -к(а), -ун. Сипонина стоит особняком: суффикс -оня придаёт прозвищу чуть пренебрежительный или уменьшительный оттенок (как в словах «тихоня», «соня»), то есть Сипоня — это не просто «сипящий», а «тот, кто постоянно сипит, шепчет».

Сословного барьера у фамилии не было: Сипонины могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовными лицами — в среде сельских священников прозвища по голосу тоже давали. Точных сведений о дворянских ветвях нет, но в переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Сипонины в Тотемском уезде.