Фамилия Скаудус — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет нерусское, а точнее, латинское или греческое происхождение. Она образована по модели, типичной для духовного сословия: искусственная, «семинарская» фамилия, которую давали выпускникам духовных училищ и семинарий. Суффикса -ус в русских народных прозвищах не бывает, он характерен для латинизированных фамилий, которые придумывали преподаватели, переводя или переиначивая русские фамилии на классический манер.

Основа фамилии — «скауд» — скорее всего, восходит к греческому σκαύδος (скаудос) со значением «кривой», «косой» или «левый». В латинском языке есть близкое слово scaurus — «с кривыми ногами», «косолапый». Таким образом, исходное прозвище могло указывать на физический недостаток: хромоту, кривизну ног или косоглазие. Не исключено, что будущий семинарист или его отец носили в миру неблагозвучную фамилию вроде Кривой, Косой или Хромой, и преподаватель, следуя моде XVIII–XIX веков, «перевёл» её на греческий, получив Скаудус. Так бедные крестьянские прозвища облагораживали, превращая в звучные книжные фамилии.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с латинским scando (скаудо — «восхожу», «поднимаюсь»), но такое значение не даёт осмысленного прозвища. Версия с «кривым» выглядит убедительнее: в ономастике зафиксированы аналогичные примеры — например, фамилия Скавронский от польского skawron (жаворонок) или многочисленные «переводные» фамилии вроде Бенедиктов вместо Благословенный. Скаудус стоит в том же ряду.

Географически фамилия почти не встречается за пределами России и, по всей видимости, осталась локальной. Носители Скаудус — это потомки выходцев из духовного сословия, скорее всего, из центральных губерний, где семинарские фамилии были особенно распространены. Социальный статус предков — священники, дьяконы, псаломщики, реже учителя церковно-приходских школ. Фамилия не даёт указания на национальность или регион происхождения: её носителем мог стать русский, украинец или белорус, получивший латинизированное прозвище в стенах семинарии.