Фамилия Скерсите — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -ите сразу выдаёт нерусскую, скорее всего, балтийскую или западно-романскую природу. С высокой вероятностью, это латышская или литовская фамилия, адаптированная на русской почве. В балтийских языках суффикс -ītis (латышский) или -ytė (литовский) образует фамилии, часто указывающие на принадлежность к роду или происхождение от отца. Форма Скерсите могла возникнуть как русифицированная передача латышской фамилии Skersītis или литовской Skersytė.

Основа «скерс-» в балтийских языках прозрачна. В латышском слово šķērs (или skers) означает «поперечный», «косой», «перекрёстный». Отсюда — множество географических названий (Skersė, Skersinė) и прозвищ. Человек по прозвищу Скерсис (Skersis) мог получить его за характерную черту — например, за косоглазие, хромоту (когда одна нога «идёт поперёк»), или за то, что жил на перекрёстке, у переправы. В старых латышских документах встречаются крестьяне с таким прозвищем, которое затем закрепилось как фамилия.

Если же рассматривать версию о романском следе (например, итальянском или французском), то фамилия могла произойти от итальянского слова scherzare — «шутить», «подшучивать». В этом случае прозвище Скерсо (Scherzo) дали бы весельчаку или балагуру. Однако форма Скерсите с окончанием -ите для итальянских фамилий нехарактерна, а для балтийских — абсолютно типична. Поэтому балтийская гипотеза выглядит намного убедительнее и проще: фамилия пришла вместе с носителями из Латвии или Литвы, где и сегодня встречаются однофамильцы.

В России носители фамилии Скерсите — это, скорее всего, потомки переселенцев из Прибалтики, которые могли обосноваться в западных губерниях Российской империи ещё в XIX веке или переехать в советское время. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и не фиксируется в старых московских боярских книгах — её история уходит корнями в крестьянскую или мещанскую среду балтийских хуторов.