Фамилия Скобникова образована от личного прозаища или мирского имени, а не от крестильного. Это сразу выделяет её из ряда фамилий, восходящих к церковному календарю, и относит к пласту прозвищных родовых имён — одному из самых древних и живых пластов русской ономастики.

В основе фамилии лежит прозвище Скобник, а в нём — существительное «скоба». У этого слова в русских говорах было два главных значения. Первое, самое известное, — железная деталь для скрепления двух частей чего-либо. Второе, более узкое и профессиональное, — зарубленная на палочке мерка чего-либо у плотников. Отсюда прямой вывод: основатель рода Скобниковых с большой долей вероятности был ремесленником — кузнецом, работавшим со скобами, или плотником, который размечал бревна такими мерками. В этом случае прозвище закрепилось за человеком по роду его занятий, как это часто случалось на Руси.

Но есть и другая версия, связанная с птицей. На Украине скобой иногда называют скопу — крупную хищную птицу семейства ястребиных, которая селится по берегам рек и озёр и питается рыбой. Если принять эту версию, то Скобником могли прозвать человека за внешнее сходство с этой птицей — например, за светлую голову, цепкий взгляд или манеру держаться. Эта гипотеза менее очевидна для северных и центральных русских говоров, где слово «скоба» в таком значении почти не встречается, но полностью исключать её нельзя, особенно если учесть, что прозвища нередко приносили с собой переселенцы из южных регионов.

Наконец, не исключено, что Скобник — это не прозвище, а мирское имя. До введения христианства наречение ребёнка именем-названием животного или птицы было распространённой традицией, отражавшей языческие представления о мире: человек как бы получал качества своего тотема. Скопа — птица зоркая, стремительная и рыбоядная, и такое имя могло даваться как оберег. Хотя эта традиция угасла после крещения Руси, отдельные мирские имена дожили в прозвищах до XVII–XVIII веков, когда фамилии начали закрепляться окончательно.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична: суффикс -ник- указывал на деятеля или носителя признака, а финальное -ов- оформило притяжательное значение. То есть Скобников буквально означает «сын Скобника», «потомок того, кого звали Скобником». Такая модель — прозвище на -ник плюс фамильный суффикс — встречается у многих русских фамилий, например у Плотниковых или Мельниковых, что ещё раз подтверждает ремесленную версию происхождения.

О точном месте и времени возникновения фамилии Скобникова говорить сложно: процесс формирования фамилий шёл постепенно и неравномерно, где-то завершившись к XVI веку, а где-то затянувшись до XIX. Однако сам факт, что фамилия сохранила редкую основу, не превратившуюся в привычное нарицательное слово, делает её ценным памятником славянской письменности и культуры, хранящим память о конкретном человеке — ремесленнике, охотнике или просто обладателе меткого прозвища.