Фамилия Скрекеря — яркий пример того, как редкое прозвище, закрепившись за одним родом, может поставить в тупик даже опытного этимолога. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни украинского -енко, ни польского -ский. Окончание -я и характерный корень выдают в ней прозвище, скорее всего, южнорусского или украинского происхождения, образованное напрямую от глагольной основы.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «скрекотать» или «скрегетать». В южных и западных говорах «скрекотать» означало издавать резкие, скрежещущие звуки — так говорят о сороке, о телеге с несмазанными колесами или о скрипучем голосе. Прозвище Скрекеря могли дать либо очень говорливому, «стрекотущему» человеку, либо тому, кто работал с инструментом, издающим скрежет (например, точильщику или кузнецу). Форма с суффиксом -ер- (-ир-) здесь выполняет роль активного деятеля: Скрекеря — буквально «тот, кто скрекочет».

Менее вероятная, но существующая гипотеза выводит фамилию из тюркских языков. В некоторых тюркских диалектах есть корни со значением «скупой» или «жадный», которые в русской записи могли дать похожее звучание. Однако для Крыма, Кубани или юга России, где такие контакты были часты, фамилия Скрекеря не характерна. Основной ареал ее бытования — центральные и северные области Украины, а также приграничные районы России, что говорит именно о славянской звукоподражательной основе.

Уникальность фамилии в том, что она не перешла в разряд «стандартных» через патронимический суффикс. Предок остался в истории не как Скрекеров (сын Скрекера), а под своим прямым прозвищем. Это указывает на позднее оформление фамилии (вероятно, XVIII–XIX век) или на то, что прозвище было настолько цепким и точным, что заменило собой все остальные именования. Сословной привязки нет: так могли прозвать и вольного казака за его бойкий язык, и крепостного крестьянина за скрипучую телегу.