Фамилия Скрекотень — редкий пример, когда прозвище попало в документы почти без изменений, минуя типовые фамильные суффиксы. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые обычно превращают прозвище в фамилию. Перед нами чистая основа, застывшая в именительном падеже.

Корень здесь — «скрекот», который в русских говорах означает резкий, трескучий звук. Скрекотать — издавать дробный стрекот, похожий на стрекотание сороки или кузнечика. Суффикс -ень характерен для слов, обозначающих носителя признака или действия: так образованы «грохотень», «топотень», «лепетень». Скрекотень — человек, который скрекочет. Прозвище могли дать говорливому, быстрому в речи человеку с пронзительным голосом, а возможно, и мастеру, чья работа была связана с характерным звуком — например, точильщику или кузнецу.

В польской и украинской ономастике встречается фамилия Skrzekot (Скжекот) с тем же значением — «стрекот». Русская форма Скрекотень сохранила след южнорусского или западнорусского влияния, где «скрекотать» — обычное слово. В северных говорах его почти не знают, поэтому география фамилии тяготеет к Черноземью и Смоленщине.

По модели образования фамилия стоит в одном ряду с Звягинцев или Трепетов, но без патронимического суффикса. Это говорит о поздней фиксации: в XVII–XVIII веках, когда переписчики уже не переделывали прозвища на «-ов», а записывали их как есть. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими — в дворянской среде бесприставочные фамилии не приживались.