Фамилия Скроготунов — редкая и звонкая, её происхождение почти наверняка связано с прозвищем, а не с крестильным именем. В основе лежит слово «скрогот» или «скроготать», которое в русских говорах означает «скрежетать», «скрипеть», «издавать резкий, неприятный звук». Человек мог получить такое прозвище за скрипучий голос, привычку скрежетать зубами или за то, что работал с чем-то скрипучим — например, с несмазанной телегой или старым станком.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Скроготунов). Таким образом, Скроготунов — это «сын Скрогутуна», а Скроготун — тот, кто скрогочет. Форма на -ун (как в словах «говорун», «крикун») усиливает значение деятеля: это человек, постоянно совершающий действие. Поэтому прозвище носило яркий, почти звукоподражательный характер.

В написании фамилии есть особенность: корень «скрогот» не путать с похожим «скрежет». В некоторых говорах «скрогот» могло означать не только звук, но и предмет — например, «скроготок» (скрипучий механизм). Но основная версия — звуковая характеристика человека.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где сохранились диалектные формы с чередованием «г/ж» (ср. «скрогот» и «скрежет»). Встречается она крайне редко, что делает её уникальным маркером для генеалогического поиска. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а прозвище закрепилось за кем-то из них из-за заметной особенности — голоса или привычки.

Если рассматривать альтернативные версии, то иногда корень «скрог» связывают с древнерусским «скорога» (скорость, поспешность), но это менее убедительно: суффикс -от указывает скорее на звук, чем на действие. Поэтому звуковая гипотеза остаётся основной.