Фамилия Скруберт — редкий пример, когда русская по форме фамилия имеет почти наверняка западное, скорее всего немецкое, происхождение. На это указывает корень, нехарактерный для славянских языков: «скруб» не встречается ни в древнерусских прозвищах, ни в диалектной лексике в значении, из которого могло бы родиться фамильное имя. Намного вероятнее, что в основе лежит немецкое слово «Schrubber» — щетка, скребок, или глагол «schrubben» — тереть, скоблить, чистить. В немецкой среде такое прозвище могли дать человеку, чья работа была связана с мытьем, уборкой или чисткой — например, поломою, палубному матросу, банщику или слуге, отвечающему за гигиену.

Фамилия оформлена по русской словообразовательной модели: к заимствованному корню добавился суффикс «-ерт». Этот суффикс в русских фамилиях встречается редко — он не принадлежит ни к типичным «-ов/-ев», ни к «-ин», ни к «-ский». Такая форма могла возникнуть при русификации немецкой фамилии Schrubber: окончание «-er» осмыслили как «-ерт», либо так передали на слух исходное звучание. В любом случае, фамилия указывает на то, что предок носителя был выходцем из немецкоязычной среды (вероятно, из числа колонистов, приглашенных в Россию в XVIII–XIX веках), а его прозвище было связано с конкретным ремеслом или бытовой обязанностью.

Географически фамилия Скруберт не привязана к какому-то одному региону России — она встречается точечно, что типично для поздних переселенческих фамилий. Немецкие колонии существовали в Поволжье, на юге Украины, в Причерноморье, и именно оттуда фамилия могла разойтись по стране. Сословно носители, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — ремесленное прозвище не указывает на дворянство или духовенство.

Сравнение с однокоренными фамилиями (например, Шруббер, Шкрябин, Скрябин) показывает, что в русском языке корень «скруб» — уникален. Это делает фамилию ценной для генеалога: при поиске предков стоит смотреть не на русские архивы, а на списки немецких колонистов и метрические книги лютеранских приходов. Вероятнее всего, первоначальное написание было Schrubber, а современный вариант Скруберт — результат адаптации к русской фонетике и письму.