Фамилия Скрупченко образована по типичной для украинской ономастики модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился как обозначение потомка («сын такого-то»). В основе лежит прозвище или имя Скрупка. Здесь возможны два объяснения, и оба связаны с бытовой речью.

Первое и самое вероятное: украинское слово «скрупка» — это крошка, мелкий кусочек, щепка или стружка. В переносном смысле так могли назвать человека маленького роста, щуплого телосложения либо, наоборот, того, кто занимался щепным товаром — колол лучину, делал дранку или работал с деревом. Прозвища по физическим особенностям в среде крестьян и ремесленников были обычным делом.

Второй вариант: «скрупка» могло быть производным от глагола «скрупувати» (кропить, брызгать) или от польского «skrupić» — обрушиться, наказать. В таком случае прозвище могло достаться человеку с резким, «брызжущим» характером или тому, кто часто попадал в переделки. Эта версия менее убедительна, так как в украинских говорах форма на -енко обычно прирастала к более конкретным бытовым прозвищам.

Фамилия Скрупченко — довольно редкая. Её географическое ядро, скорее всего, лежит на левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина, Сумщина), где суффикс -енко исторически доминировал. В России она встречается спорадически, часто как результат переселений или украинской миграции XIX–XX веков. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане — модель на -енко была всесословной в украинской среде.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ук/-юк (тоже «сын»), форма на -енко в XVII–XVIII веках чаще фиксировалась у людей, живших ближе к городам и войсковым канцеляриям, тогда как -ук оставался в глухих сёлах. Поэтому предки Скрупченко могли быть не просто крестьянами, а, например, казацкой старшиной низшего звена или ремесленниками, связанными с деревообработкой.