Фамилия Скрутень — редкий случай, когда прозвище так и не переоформилось в типовую модель на -ов или -ин, а осталось в начальной, «прозвищной» форме. С точки зрения словообразования это чистый суффикс -ень, который в восточнославянских фамилиях встречается несравнимо реже, чем, скажем, -к- или -ов-. Суффикс -ень обычно придаёт слову оттенок уменьшительности или результата действия: вспомните «кипень» (то, что кипит) или «зыбень» (зыбкое место). В фамилии Скрутень, скорее всего, застыло прозвище, данное человеку по манере поведения или внешности.

Основа «скрут-» напрямую связана с глаголом «скрутить» и его диалектными значениями. В русских говорах «скрутень» могло означать не просто скрученный предмет, а человека, который ходит скрюченным, сгорбленным — отсюда один шаг до прозвища. Но есть и другая, более выразительная версия: в некоторых регионах «скрутнем» называли нелюдимого, угрюмого человека, который «скручивается» в себе, сторонится людей. Менее вероятно, но допустимо, что прозвище дали мастеровому, который занимался скруткой верёвок, канатов или чего-то подобного — здесь суффикс -ень работал бы как название действующего лица по профессии (ср. «ткач» — «ткач» не подходит, но модель «прядильщик» иная).

Географически фамилия Скрутень привязана к западнорусским и украинским землям. В белорусском языке слово «скрутень» фиксируется в значении «вихрь, смерч» — то есть прозвище могли дать человеку вертлявому, быстрому, «закрученному». Украинские аналоги с тем же корнем (Скрут, Скрутель) тоже встречаются, но форма на -ень характерна именно для белорусской и западноукраинской ономастики. В центральных великорусских губерниях фамилия почти не встречается — это дополнительный аргумент в пользу того, что её носили выходцы с запада или юго-запада исторической Руси.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Скрутень стоит особняком. Более распространённые Скрутов, Скруткин, Скрученков образованы по стандартным моделям и потому менее информативны — они могли возникнуть от любого схожего слова. А вот Скрутень сохранил форму, которая заставляет задуматься: либо фамилия очень древняя, оформившаяся до эпохи массового насаждения -ов/-ев, либо, наоборот, поздняя, когда крестьянам при переписях просто записывали прозвище без изменений. Сословной привязки у неё нет: «скрутнем» могли обозвать и крепостного, и казака, и мещанина — всё зависело от местного говора и случая.