Фамилия Скруйбене — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет иноязычную основу. Сразу бросается в глаза суффикс -ен-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на польское, украинское или белорусское происхождение (сравните: Скробут, Скрипник). В данном же случае перед нами, скорее всего, результат адаптации прибалтийской фамилии, а именно литовской или латышской.

Если отбросить русское окончание -е (которое могло появиться при записи в документах по типу «он Скруйбене»), остаётся основа Скруйб-. Она прозрачно соотносится с литовским словом skrubis — так в Литве называют рябину, а также можжевельник в некоторых диалектах. В латышском языке есть близкое skrubis — «корявый, шершавый; можжевельник». Таким образом, фамилия могла означать «рябиновый» или «можжевеловый» — либо по месту жительства (у рябиновой рощи), либо как прозвище человека с характерной внешностью (корявого, шершавого).

Интересна модель образования. Литовские фамилии часто имеют суффикс -ėnas (например, Skrūbėnas), который при русификации мог перейти в Скруйбене. Также не исключён вариант, что фамилия — это русифицированная форма латышской женской фамилии Skrūbene, где суффикс -en- указывает на принадлежность (жена или дочь Скруйбиса). В любом случае, географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — Ковенской, Виленской, Курляндской.

Встречаемость фамилии в современной России крайне низкая. Её носители — это, вероятно, потомки выходцев из Прибалтики, переселившихся в центральные регионы или Сибирь в XIX–XX веках. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до мещан, но в любом случае прозвище или топоним, лёгший в основу, — из народной, а не дворянской среды.