Фамилия Скубченко звучит на украинский лад, и это первая подсказка к её происхождению. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он указывает на «малого» или «сына»: Скубченко буквально означает «сын Скубка» или «потомок Скуба». Сама основа Скуб- — это прозвище, а не имя из святцев.

Корень «скуб-» в восточнославянских говорах означает «щипать», «драть», «теребить». В украинском языке «скубати» — то же самое: дёргать за волосы или щипать шерсть. Прозвище Скуб или Скубко могли дать человеку с взлохмаченными волосами, тому, кто постоянно теребил одежду или бороду. Но есть и более приземлённая версия, связанная с ремеслом: «скубти» — это обработка льна или шерсти, когда волокно очищают от костры. Предок Скубченко мог быть чесальщиком шерсти или льна — работа не самая почётная, но в крестьянском хозяйстве необходимая.

Интересно, что фамилия встречается в основном на территории современной Украины (Черниговская, Сумская, Полтавская области) и в прилегающих районах России. В русском языке глагол «скубать» считается диалектным и устаревшим, поэтому на севере или в центральной России такую фамилию почти не встретишь. Это типичный пример фамилии, «привязанной» к определённому говору и хозяйственному укладу.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность барину или помещику, Скубченко — фамилия из казацкой или крестьянской среды. В реестрах Войска Запорожского могли встречаться Скубы и Скубченки, но документальных подтверждений о конкретном знаменитом носителе нет. Фамилия осталась «низовой», без дворянских ветвей, что делает её честным индикатором происхождения: скорее всего, предки были вольными хлеборобами или ремесленниками, а не боярами.