Фамилия Скуиня — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не великорусское. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не на суффиксы (в ней нет типичных -ов, -ин, -ский), а на корень и географию.

Скорее всего, фамилия Скуиня имеет латышские или литовские корни. В латышском языке слово «skuķis» означает «девчонка», «малышка», а «skuķene» — «девушка» или «девица». В литовском есть близкое «skuja» — «сосновая игла» или «хвоя». Оба варианта возможны. Если основа — латышское «skuķis» (с возможным изменением «ķ» на «и»), то фамилия могла быть прозвищем молодой, невысокой или бойкой девушки, которое закрепилось за родом. Второй вариант — от литовского «skuja» (игла) — могло указывать на занятие, связанное с лесом, или на человека колкого, острого на язык.

Обратите внимание на окончание. Форма «Скуиня» (с мягким знаком и окончанием -я) типична для латышских фамилий женского рода, но в русской записи могла закрепиться и как мужская. В Латвии фамилии с окончанием -s, -is, -ns — мужские, а с -a, -e — женские. В русском контексте «Скуиня» — это, вероятно, русифицированная запись латышской фамилии Skujiņš (мужской род) или Skujiņa (женский). Приставка «С-» в начале может быть результатом искажения при записи или остатком старой приставки.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Латвии, Литве, а также к пограничным с ними областям России (Псковская, Смоленская губернии). Если ваши предки жили в этих краях, то Скуиня — почти наверняка балтская фамилия, связанная либо с прозвищем по внешности или характеру, либо с лесным промыслом. Встретить её в центральной России маловероятно.

Сравните с однокоренными фамилиями: Скуя, Скуинь, Скуй. Все они редки и указывают на ту же балтскую основу. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Скуиня не упоминается — это ещё одно подтверждение её нерусского происхождения.