Фамилия Скворковский образована по типичной для славянских языков модели от личного прозвища или мирского имени. Основой послужило слово «скворец» — так на Руси нередко называли человека. Прозвище Скворок (или Скворко) могло закрепиться за бойким, голосистым человеком, который много и звонко говорил, или за тем, кто любил наблюдать за птицами, а возможно, и за ловцом скворцов, которых держали в домах ради пения.

Сама фамилия имеет «географическое» окончание -ский, что в славянской ономастике обычно указывает на связь с местностью. Первоначально такие фамилии получали дворяне по названию своих владений, но впоследствии, особенно на землях Речи Посполитой и в западнорусских губерниях, суффикс -ский стал массово использоваться и для обозначения выходца из определённого села или деревни. Так, Скворковский мог означать «тот, кто родом из Скворкова» или «из Скворковичей» — поселений, название которых, в свою очередь, произошло от того же прозвища первого поселенца.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Скворковский, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. У поляков и чехов есть фамилии Skworek, Skwarko, у украинцев — Скворук, Скворцов. Сам же корень «сквор-» восходит к общеславянскому звукоподражательному слову, имитирующему щебетание птицы.

Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого), и Скворковский здесь не исключение. В данном случае мы имеем дело не с крестильным именем, а именно с прозвищем, которое затем превратилось в отчество или указание на место жительства. Примечательно, что форма на -ский в этой фамилии не дворянская по происхождению — в большинстве случаев она закрепилась за крестьянами и мещанами, которые брали себе фамилию по названию родной деревни, чтобы отличаться от однофамильцев из соседних сёл.

Сегодня фамилия Скворковский встречается редко и преимущественно на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западнославянские корни. Носители фамилии могли быть и духовного звания — в семинарской среде было принято «облагороживать» простые русские прозвища, придавая им форму на -ский, поэтому часть Скворковских могла получить фамилию при поступлении в духовное училище. Однако основная масса, вероятно, просто унаследовала её от предков, живших в деревнях с «птичьим» названием.