Фамилия Сквортянная — редкий случай в русской ономастике, где прилагательное в женском роде стало самостоятельной фамилией. В отличие от привычных Скворцовых, образованных от названия птицы с помощью патронимического суффикса -ов, здесь мы видим иную модель: основой послужило прилагательное «сквортяный» (или «сквортяной»). В говорах это слово означало «относящийся к скворцу», «скворцовый», «скворечный». Например, сквортяным могли называть домик для скворцов, скворячье гнездо или даже человека, который ловил или держал скворцов.

Форма на -яя, а не на -ая, указывает на церковнославянское влияние в написании. В дореволюционной России фамилии-прилагательные в женском роде нередко фиксировали именно с окончанием -ая (Сквортяная), но в некоторых регионах, особенно среди старообрядцев или в северных говорах, сохранялось стяжённое произношение, которое на письме передавали через -яя. Встречаются варианты Сквортяная, Сквортянов, Сквортянкин — последний образован от прозвища Сквортянка, то есть «женщина Сквортяного» или «дочь Сквортяного».

Самая вероятная версия происхождения: прозвище Сквортяной дали человеку, который был чем-то похож на скворца — голосом, повадками, пестротой одежды, или же он мастерил скворечники и разводил птиц. В русских деревнях скворцов любили за голосистость и считали вестниками весны, поэтому прозвище было скорее добрым, чем обидным. Фамилия могла закрепиться в форме Сквортянная, если в семье преобладали женщины — например, вдова с дочерьми, за которой в переписи записали «Сквортянная» как родовое имя.

С географией сложно: фамилия нечастотная. По косвенным данным, её носители встречаются в Вологодской и Архангельской областях, где скворечники называли «сквортянками», а также на юге России, где в диалектах слово «сквортяный» означало «пёстрый», «рябой». Возможно, фамилия возникла независимо в разных местах, что объясняет её редкость и разброс.

Сословной принадлежности у фамилии нет: она могла появиться и у крестьянина, и у мещанина, и у священника. В духовном сословии таких «птичьих» фамилий давали много, но обычно в форме Скворцов или Скворчанский. Сквортянная — скорее народный, диалектный вариант, который не попал в массовые списки и сохранился в единичных семьях.