Фамилия Скынников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило своё исходное значение, оставив лишь словообразовательные зацепки. Корень здесь — «скын-», который в русских говорах имел несколько значений. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «скыня» или «скынь» — так в некоторых областях называли скупость, жадность или самого скупого человека. Прозвище Скынник могли дать либо прижимистому хозяину, либо, наоборот, тому, кто постоянно жаловался на нехватку. Менее распространённая, но не менее интересная гипотеза отталкивается от слова «скыня» в значении «сын» — в южнорусских и украинских говорах так называли незаконнорождённого ребёнка. В этом случае Скынников — буквально «сыновний», то есть потомок человека, которого в округе знали по этому обстоятельству.

Суффикс -ов указывает на типичную для русских фамилий модель притяжательного прилагательного: Скынников — сын или потомок Скынника. Такая форма закрепилась в центральных и северных регионах России, хотя сама основа «скын-» скорее тяготеет к южному ареалу. Встречаются и однокоренные фамилии — Скынников, Скынин, Скынов, но Скынников — самая распространённая из них. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего фиксировались в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях — зоне активного взаимодействия великорусского и украинского диалектов, где слово «скыня» было в ходу.

Фамилия не относится к дворянским, её носители — в основном крестьяне и мещане. В XIX веке Скынниковы встречаются среди однодворцев — особого сословия, занимавшего промежуточное положение между крестьянами и мелкими помещиками. Известных деятелей культуры или науки с такой фамилией нет, что делает её типичным примером «говорящей» народной фамилии, где за бытовым прозвищем стоит точная характеристика предка.