Фамилия Смудченко звучит по-украински и в основе своей имеет прозвище Смуда. Так на Украине называли многолетнее растение из семейства Зонтичных. Предок, получивший такое прозвище, скорее всего, был знахарем или исцелителем: он собирал эту траву и применял её в своей лечебной практике. Людей, разбиравшихся в целебных свойствах растений, в народе всегда выделяли, и прозвище по роду занятий легко закреплялось за семьёй.

Фамилия образована по типичной для украинских фамилий модели: к основе Смуд- добавлен патронимический суффикс -ченко, который указывает на «сына» или потомка человека по прозвищу Смуда. Такую форму чаще всего носили в восточных регионах Украины, где фамилии на -енко получили широкое распространение ещё в XVII–XVIII веках.

Существует и другая, менее правдоподобная версия происхождения. Согласно ей, в основе лежит не прозвище по растению, а мирское имя Смуда. В древности родители могли дать ребёнку имя, совпадающее с названием представителя растительного или животного мира. Считалось, что так природа будет воспринимать младенца как своего, и к нему перейдут полезные качества, которыми наделён этот представитель. Однако эта гипотеза выглядит слабее: имя Смуда в исторических документах не встречается, а вот прозвища по занятиям и травам были обычным делом.

Слово «смуда» в украинских говорах не имело негативного оттенка и не было связано с понятием «смутный» или «смутьян». Это чисто ботаническое название, что ещё раз подтверждает связь прозвища с миром растений, а не с характером человека. Поэтому версия о знахаре выглядит предпочтительнее.

Встречаются и родственные фамилии — Смуда, Смудин, Смудченко. Все они восходят к одному корню и, вероятно, к одному прозвищу, но у каждой своя география. Смудченко — форма, указывающая на потомка, и она чаще фиксируется в центральных и восточных областях Украины.

Точных сведений о древности фамилии или о конкретных исторических носителях нет, но по модели образования её можно отнести к пласту украинских фамилий, сложившихся в казацкую эпоху. Тогда прозвища по ремеслу активно превращались в наследственные фамилии, и потомок знахаря мог получить фамилию Смудченко, сохранив память о занятии своего предка.