Фамилия Смутченко происходит от прозвища Смутка, которое в старину было широко распространено в южнорусских и украинских землях. Основа прозвища — глагол «смучать», то есть мутить, тревожить, вносить раздор. Поэтому Смуткой чаще всего называли человека, который сбивал других с толку, сеял сплетни и раздоры, приводил окружающих в смятение. В южных и западных говорах у глагола «смутиться» было и другое значение — «печалиться, горевать». В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком с несчастливой судьбой, вечным печальником.

Нельзя обойти и связь со словом «смута» — мятеж, восстание, раздор между народом и властью. В этом смысле Смуткой могли прозвать непокорного, гордого и строптивого мужчину, который не желал подчиняться. Какая из версий правдоподобнее — сказать сложно: прозвище многозначно, и в каждом конкретном роду его могли дать по разным причинам.

Суффикс «-енко» в фамилии указывает на украинское происхождение и означает «сын» или «потомок». То есть Смутченко — буквально «сын Смутки». Такая модель образования фамилий была самой распространённой на Левобережной Украине и в южнорусских областях, где украинское влияние было сильным. Первоначально прозвище Смутка, присоединённое к наследственному имени, постепенно полностью заменило его и в повседневной жизни, и в официальных документах, закрепившись за потомками.

Интересно, что фамилия Смутченко не имеет отношения к слову «смутьян» в современном негативном смысле. В старину оттенок значения был мягче: так могли назвать беспокойного, живого человека, который не давал окружающим скучать. Сегодня фамилия встречается в основном в южных регионах России и на Украине, что подтверждает её региональное происхождение.