Фамилия Смужникова — женская форма фамилии Смужников, которая образована по типичной русской модели отчества: суффикс -ов добавлялся к основе прозвища или профессии отца. В данном случае основа — «смужник». Это слово в русских говорах имело конкретное значение: так называли человека, который занимался изготовлением или продажей смушек — шкурок ягнят особого каракульского типа, ценившихся за красивый завиток. Смушки шли на воротники, шапки и шубы, а ремесло смужника было узкопрофильным и востребованным.

Слово «смушка» (в единственном числе) фиксируется в словарях русских народных говоров. Прозвище Смужник, таким образом, мог получить либо сам мастер-скорняк, либо торговец, либо человек, носивший приметную одежду из смушек. В отличие от более распространённых фамилий от названий массовых профессий (Кузнецов, Мельников), Смужников — редкий случай, когда основа указывает на довольно специальное ремесло. Географически фамилия встречается в основном на юге России и в Поволжье — регионах, где исторически разводили овец каракульской породы.

Суффикс -ник в основе говорит о том, что прозвище образовано от предмета труда (смушка) с помощью типичного для названий профессий суффикса. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Сму́жников. Вариант с ударением на второй слог (Смужнико́в) возможен, но менее характерен для фамилий от слов с ударной основой.

Среди однокоренных фамилий — Смушкин (от «смушка» напрямую) и Смушков (от «смушки» во множественном числе). Фамилия Смужникова фиксируется в документах XVII–XVIII веков в южнорусских уездах, но широкой известности не получила: это фамилия, которая почти не покидала пределов своей профессиональной и региональной среды.