Фамилия Сниниколодецкий — редкая и сложная по составу. В ней отчётливо выделяются две части: основа «Снини-» и суффикс «-колодец-» с типичным фамильным окончанием «-ский». Такая конструкция нестандартна для русских фамилий: обычно суффикс «-ский» присоединяется к географическому названию или прозвищу целиком, а здесь мы видим словосложение.

Самый вероятный путь происхождения — от названия населённого пункта. В основе лежит словосочетание «Синий колодец» (с чередованием «и» в корне, характерным для диалектного произношения или старой орфографии). «Синий колодец» — типичный для восточнославянской топонимики образ: так называли родники, пруды или ключи с чистой, прозрачной водой, которая на свету отливала синевой. Такие названия встречаются в разных регионах России, Украины и Белоруссии. Житель деревни или хутора Синий Колодец получал прозвище Синиколодецкий, а со временем оно закрепилось как фамилия. Вариант «Сниниколодецкий» мог возникнуть из-за редукции гласного в безударном положении: «Синиколодецкий» произносили как «С’николодецкий», а на письме это закрепилось с начальным «Сн».

Альтернативная версия, менее вероятная, — что первая часть происходит от личного имени или прозвища «Сниня» (уменьшительное от Снигур, Снигирь или от глагола «снить» — сниться, грезить). Но в этом случае соединение с «колодец» выглядит натянутым: фамилии такого типа обычно образуются от одного корня (Снигирёв, Колодезников), а не от двух самостоятельных слов.

По сословной принадлежности однозначных данных нет. Фамилии на «-ский» в XVIII–XIX веках часто давали дворянам и духовенству, но также их получали крестьяне и мещане, переселившиеся из сёл с соответствующим названием. Сниниколодецкие могли быть как однодворцами (государственными крестьянами южных губерний), так и выходцами из мелкопоместных дворян, если их предки владели землёй у Синего Колодца.

В современной России фамилия встречается единично, преимущественно в центральных и южных областях. Поиск по открытым базам показывает, что большинство носителей живут в Воронежской и Ростовской областях — как раз там, где гидронимы с корнем «колодец» особенно часты. Фамилия не входит в список распространённых, и её носители, скорее всего, связаны общим предком из одного села.