Фамилия Софийченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках активно вытесняла более старые патронимические суффиксы. По сути, это «малый Софий»: суффикс -енко в украинской традиции означал «сын» или «потомок», то есть Софийченко — буквально «сын София».

Сразу возникает вопрос: что за имя Софий? Оно явно неканоническое. В православных святцах есть женское имя София, но мужского Софий не существует. Скорее всего, перед нами не прямое имя, а производное от прозвища или фамилии. В основе лежит либо украинская фамилия Софий (например, от греческого софия — «мудрость», но вряд ли напрямую), либо более вероятная версия: прозвище Софий давали человеку, связанному с церковью Софии — Святой Софии в Киеве. В старину слово «софия» в народной речи могло означать не только храм, но и всё, что с ним связано: причетника, сторожа, ремесленника, работавшего при соборе. А поскольку Софийский собор в Киеве был главным храмом на Руси, прозвища от него встречаются часто: Софийский, Софиенко, Софийчук.

Есть и другая, более простая версия: Софий — это форма крестильного имени Софоний (древнееврейское «сокрытый Богом»), которое в украинском быту могло сократиться до Софий. В пользу этой версии говорит то, что в украинских говорах имя Софоний действительно давало варианты Софий, Софийко. Тогда Софийченко — патроним от уменьшительного имени Софий, то есть «сын София».

Фамилия распространена преимущественно на востоке Украины и в прилегающих областях России — там, где в XIX веке шёл активный приток украинских переселенцев. Встречается она и в списках запорожских казаков, но в массовом порядке закрепилась уже после отмены крепостного права, когда бывшие крестьяне получали фамилии по имени отца или деда.

Словообразовательно фамилия прозрачна: основа Софий- (от имени или прозвища) плюс типично украинский суффиск -енко. Сравните с однокоренными вариантами: Софиенко (то же значение, но без отвердения й), Софийчук (с западноукраинским суффиксом -чук), Софиев (русская форма). Софийченко — одна из самых точных по звучанию форм, сохранившая мягкость корня.