Фамилия Сперидоненко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая означает «сын» или «потомок». В основе лежит производная форма крестильного имени Спиридон (через украинское произношение «Сперидон»). Имя древнегреческое, от spyridion — «корзинка», «плетёная корзина». В народе имя часто переосмысляли, связывая с «духом» (лат. spiritus), но это вторичное сближение.

Суффикс -енко — типично украинский патронимический показатель, который в XVI–XVII веках вытеснил более архаичные формы на -ович/-евич в среде казачества и мещан. Фамилия Сперидоненко значит «маленький Сперидон» или «Сперидонов сын». Такая модель была продуктивна на Левобережной Украине, в частности в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях.

Интересная деталь: написание через «е» (Сперидон, а не Спиридон) — не ошибка, а отражение живого произношения. В украинских говорах после твёрдых согласных «и» часто переходит в «е» (ср. «сила» и «села»). Поэтому в документах XIX века эта фамилия могла записываться и как Спиридоненко, и как Сперидоненко, в зависимости от диалекта писаря. Встречается также вариант Сперидонов — русская адаптация с суффиксом -ов, но Сперидоненко сохраняет украинскую форму.

По социальному происхождению носители фамилии — скорее всего, потомки казаков или крестьян. Среди духовенства имя Спиридон было распространено, но фамилии на -енко у священников встречаются реже, чем на -ский. Так что предки Сперидоненко — люди, чей родоначальник носил имя Сперидон и жил в украинской среде, вероятно, в XVII–XVIII веках.