Фамилия Срубишек — редкий пример образования от глагола с помощью суффикса -ек, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно такие формы закреплялись в западных и юго-западных регионах, где была сильна польская или украинская традиция словообразования. Основа — «срубить» (срубать, рубить), и фамилия, скорее всего, пошла от прозвища Срубишек, то есть «тот, кто срубил что-то» или «сын того, кто рубит».

Вероятнее всего, прозвище дали лесорубу, плотнику или дровосеку. В крестьянской среде, где каждая семья имела свой надел и строила дом сама, умение рубить избу ценилось высоко. Человека могли прозвать Срубишек по результату работы — например, после того, как он срубил первую избу или вырубил участок леса под пашню. Менее вероятна, но возможна связь с военным делом: «срубить» в значении «сразить ударом сабли» — такое прозвище могли дать бойкому или жестокому воину.

Суффикс -ек указывает на принадлежность или уменьшительность, но в фамилиях он часто выполнял роль «сына»: Срубишек — буквально «маленький Сруб» или «сын Сруба». В польской традиции фамилии на -ек (Срубишек, Кавалек, Кубичек) встречаются гораздо чаще, чем в великорусской, что может говорить о происхождении предков из западных губерний или с территории современной Беларуси и Украины.

В официальных документах фамилия могла фиксироваться в разных вариантах: Срубишек, Срубишев, Срубишко. Поскольку фамилия редкая, в дореволюционных списках она почти не встречается, и её носители, вероятно, были крестьянами или мещанами из западных регионов Российской империи. Сегодня Срубишек — это штучная фамилия, сохранившаяся в единичных семьях, и её обладатели могут с высокой долей уверенности связывать свою родословную с плотницким ремеслом или лесным промыслом.