Фамилия Стакаев — редкий пример, где основа, на первый взгляд очевидная, ведёт в сторону, а не к посуде. Самое простое объяснение — от слова «стакан» — не выдерживает критики: суффикс -аев (-ев) в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на согласный, а не к «стакан». Здесь работает другая модель: тюркское имя Стакай (или Стаккай), которое в свою очередь восходит к арабскому имени Исхак (библейский Исаак). В тюркской среде имя прошло через звуковые изменения: Исхак → Схак → Стак → Стакай. Фамилия образована по русскому патронимическому типу: Стакай + -ев = «сын Стакая».

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — прозвищная. В некоторых говорах «стакать» означало «соединять, прилаживать, ладить». Стакаем могли назвать ловкого человека, умеющего свести концы с концами, или плотника, подгоняющего детали. Однако эта гипотеза не подкреплена диалектной географией: глагол узкорегионален, а фамилия встречается шире, чем его ареал.

География фамилии тяготеет к Поволжью и Уралу — зоне активных русско-тюркских контактов. В Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области Стакаевы — не редкость. Это косвенно подтверждает первую версию: предки носителей фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, принявшими православие и вместе с ним русскую фамильную модель. В метрических книгах XIX века Стакаевы числятся в основном среди государственных крестьян, реже — среди мещан.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с такими же «тюркскими патронимами» на -ев: Акаев, Булаев, Мамаев. Разница лишь в том, что имя Стакай почти вышло из употребления, и современный носитель фамилии уже не связывает её с личным именем предка.