Фамилия Стогнота — редкая и необычная по звучанию, её происхождение вызывает споры. Разберём словообразовательную модель. Основа здесь — «Стогнот» или более древняя форма «Стогнат». Суффикс отсутствует: фамилия застыла в форме прозвища или имени без патронимического окончания (-ов, -ин), что характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, а также для фамилий польского или литовского происхождения, которые не прошли русификацию. Встречаются варианты написания: Стогнот, Стогнат, Стогнота.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с украинским или польским словом «стогнати» (стогнать) — стонать, охать, издавать стон. В этом случае прозвище Стогнота могли дать человеку, который часто жаловался, ныл, или, напротив, тяжело работал и от напряжения стонал. В старину такие прозвища по характерному звуку или поведению были обычным делом.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — от церковного имени Стагнатий (от греч. «стагнос» — капля). В народном произношении имя могло исказиться до Стогнат, а затем и до Стогнота. Однако документальных подтверждений бытования такого имени в русских святцах нет, поэтому версия со стоном выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: её носители встречаются в исторических записях Черниговской, Киевской и Волынской губерний. В XIX веке Стогноты чаще всего были крестьянами или мещанами, реже — казаками. Фамилия не принадлежала к дворянским родам и не попала в «Бархатную книгу», что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Стогнота стоит в одном ряду с такими же «звуковыми» прозвищами, как Стогний, Стонущий, Стон. Все они образованы от глаголов, описывающих плач или жалобу, и не несут негативного оттенка — скорее, метко характеризуют манеру поведения родоначальника.