Фамилия Стогоненко образована от прозвища Стогоня. Оно, предположительно, берет начало от нарицательного «стогна» со значением «площадь, улицы в городе». Вероятно, именование Стогоня указывает на место, где жил человек. Так могли назвать выходца из города или человека, проживавшего на одной из крупных улиц города. Так и прозвище Стогоня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Стогоненко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Стогоня, со временем получил фамилию Стогоненко.