Фамилия Стуникова — женская форма фамилии Стуников, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Самая вероятная версия связывает её со словом «стуна», которое в некоторых русских говорах означало «струна» или «бечёвка». Прозвище Стуна могли дать либо человеку, который изготавливал струны, верёвки, либо тому, кто был худым, жилистым, «вытянутым, как струна». В пользу этой гипотезы говорит и то, что фамилии от названий ремёсел и внешних черт — одни из самых распространённых в русской ономастике.

Менее очевидная, но тоже возможная версия — происхождение от неканонического имени Стуник, которое могло быть вариантом имени Станислав или образовано от глагола «стунуть» (ударить). В таком случае прозвище Стуник могло закрепиться за драчуном или, наоборот, за человеком, который стучал (например, работал молотобойцем). Однако эта версия слабее, так как связь с «стуной» прослеживается чётче через диалектную лексику.

Суффикс -ик в основе Стуник — уменьшительный, характерный для прозвищ и имён в древнерусской традиции. А окончание -ов указывает на типичную модель образования фамилий: «чей?» — Стуников, то есть сын или потомок Стуника. Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, человеком незнатного происхождения — крестьянином или ремесленником, чьё прозвище или занятие дали начало родовому имени.

Географически фамилия Стуников и Стуникова встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где диалектное слово «стуна» было в ходу. В отличие от многих фамилий, у неё нет очевидных однокоренных аналогов (вроде Струников или Струнников), что делает её достаточно редкой и узколокальной.