Фамилия Ступанченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой продуктивной на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко изначально имел значение «малый», «сын» или «потомок», поэтому Ступанченко буквально означает «сын Ступанца» или «потомок Ступанца». Основа же — Ступанец — это уменьшительная или прозвищная форма от имени Ступан, которое, в свою очередь, является диалектным вариантом канонического имени Стефан (в народной речи — Степан).

Ключевая деталь, которая отличает Ступанченко от десятков других фамилий на -енко с корнем Ступ-: вставка -н- между корнем и суффиксом. Обычная модель выглядит как Ступак → Ступаченко, Ступка → Ступченко. Здесь же мы видим Ступанец → Ступанченко. Это указывает, что прозвище Ступанец бытовало как самостоятельное: так могли назвать человека с характерной походкой, тяжело ступающего, либо того, кто делал ступени, лестницы. Вторая версия — от слова «ступа» (деревянное приспособление для толчения зерна) — менее вероятна, так как тогда форма была бы Ступченко.

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине, Полтавщине и Харьковщине — регионам, где фамилии на -енко в XIX веке составляли до 60% всех крестьянских фамилий. Сословно Ступанченко — почти наверняка бывшая казацкая или крестьянская фамилия: на Украине суффикс -енко редко встречался у шляхты, которая предпочитала -ский или -ович. В ревизских сказках XIX века носители фамилии записаны как «малороссияне» или «казённые крестьяне».

В русском языке фамилия сохранила украинское ударение на предпоследнем слоге — Ступа́нченко. Встречаются варианты написания через «о» (Ступонченко) — это следствие «аканья» в южнорусских говорах, но исходная форма именно через «а». Других версий происхождения, кроме антропонимической (от прозвища), не существует — попытки вывести фамилию от польского stupać («ступать») или немецкого Stuppe (болезнь) не подтверждаются ни словообразованием, ни историей бытования.