Фамилия Субхонбердиева — одна из тех, что сразу выдают восточное, а точнее, среднеазиатское происхождение. Её основа — мужское имя Субхонберди, которое состоит из двух частей. Первая, «субхон», восходит к арабскому «субхан» — «пречистый», «славный» (обычно в составе формулы «Субхан Аллах» — «Свят Аллах»). Вторая часть, «берди», — это тюркский глагол в форме прошедшего времени со значением «дал». Таким образом, имя Субхонберди означает «Бог дал» или «дарованный Всевышним», что вписывается в обширный пласт теофорных имён (Аллаберди, Худайберди, Назарберди), распространённых у узбеков, таджиков и туркмен.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к полному мужскому имени Субхонберди добавили русский суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ова для женщин). Фамилии на -ев в славянской традиции образуются от основ на согласный или -й. В советское время, при массовой паспортизации населения Средней Азии, такие фамилии фиксировались по отчеству отца: если отца звали Субхонберди, его дети получали фамилию Субхонбердиев (для мужчин) и Субхонбердиева (для женщин). Окончание -а — это чисто грамматический показатель женского рода, поэтому носительница фамилии — женщина.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, особенно к Ферганской долине и Сурхандарьинской области, а также к соседним регионам Таджикистана. В России и других странах бывшего СССР она встречается редко, в основном у потомков мигрантов из этих республик. Социальный контекст: фамилия недворянская и не купеческая, а крестьянская или ремесленная — её носители в XIX — начале XX века были, скорее всего, дехканами (земледельцами) или мелкими торговцами. Ономастики вроде В. А. Никонова отмечают, что фамилии с компонентом «берди» — одни из самых частых в узбекской антропонимике, и Субхонбердиева — лишь один из многих вариантов на ту же модель, но с более редкой, религиозно окрашенной первой частью.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где ударение часто падает на суффикс, в фамилии Субхонбердиева ударение, скорее всего, сохраняется на том же слоге, что и в имени-основе — на втором «о»: Субхонберди́ева. Встречаются варианты написания с «а» на конце (Субханбердиева), что отражает разницу в произношении арабского слова в разных диалектах, но основной, паспортный вариант — через «о».