Фамилия Субнишанян — редкий пример армянской фамилии, которая в русском языке сохранила почти неизменным своё исходное звучание. Её основа — армянское имя или прозвище Субнишан. В армянском языке слово «суб» (սուբ) может означать «чистый», «прозрачный», а «нишан» (նշան) — «знак», «примета», «цель». Таким образом, Субнишан — это, скорее всего, человек, которого прозвали «чистым знаком» или «ясной приметой», возможно, за честность, открытость или какую-то заметную внешнюю черту. Впрочем, не исключено, что это составное имя-пожелание, популярное в армянской антропонимии, где корни соединяли для благочестивого смысла.

Суффикс -ян (в русской передаче часто -ян, реже -янц) — типичный армянский патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». То есть Субнишанян — буквально «из рода Субнишана». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые в основном закрепились в крестьянской среде после отмены крепостного права, армянские фамилии на -ян складывались веками и несли прямую родовую память. В Закавказье такие фамилии были распространены повсеместно, независимо от сословия: их носили и ремесленники, и священники, и крестьяне.

География фамилии узкая: по данным открытых источников, Субнишаняны встречаются преимущественно в Армении и в армянских диаспорах России, особенно в Краснодарском крае и Ростовской области. В исторических документах фамилия почти не фиксируется — это говорит о её локальном происхождении, возможно, из одного села или городского квартала. Попытки связать её с тюркскими или персидскими корнями (например, через «суб» как «вода») выглядят натянутыми: армянская словообразовательная модель здесь очевидна.

Единственная деталь, которая выделяет Субнишанян среди тысяч других армянских фамилий, — это редкость основы. В отличие от массовых Геворкянов или Арутюнянов, имя Субнишан не встречается в списках популярных армянских имён. Вероятно, прозвище было дано конкретному предку за личное качество или профессию, связанную с меткой (например, знахарь, ставящий отметины, или человек с родимым пятном — «знаком»). Со временем это уникальное прозвище закрепилось за родом.