Фамилия Суфишоев — один из тех случаев, когда географический адрес оказывается надёжнее, чем прозрачная этимология. Её носители почти поголовно — выходцы из Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана, и это сразу подсказывает, где искать корни. Фамилия образована по русской патронимической модели (-ев) от имени или прозвища, бытовавшего в среде памирских народов.

Основу «Суфишо» можно разобрать двояко, и обе версии имеют право на жизнь. Первая: «Суфи» — от арабского «суфий», то есть мусульманский мистик, аскет, странствующий дервиш. В памирском исламе, особенно у исмаилитов, суфийские традиции были сильны, и такое прозвище мог получить человек набожный или, наоборот, тот, кто вёл себя как отшельник. Вторая часть — «шо» — это памирская и таджикская форма «шах» (царь, господин). Вместе «Суфишо» могло означать «господин суфий» или «царь среди суфиев» — титул, который давали уважаемому наставнику, пиру.

Вторая версия менее романтична, но тоже вероятна: «Суфи» может быть просто личным именем, распространённым у народов Центральной Азии. В таком случае «Суфишо» — это имя-композит, где к имени Суфи добавили уважительный компонент «шо». Для памирских фамилий характерны суффиксы -ев и -ов, которые пришли вместе с русским делопроизводством в конце XIX — начале XX века. До этого жители Памира не имели фамилий в современном смысле, а пользовались отчествами или названиями родов (авлод).

Примечательно, что фамилия почти не встречается за пределами таджикского Памира и диаспоры. Это не массовая фамилия, а локальная, что говорит о её сравнительно недавнем закреплении — скорее всего, в 1930-е годы, при оформлении советских паспортов. Носители Суфишоевых, как правило, относятся к шугнанцам или рушанцам — этническим группам, говорящим на восточно-иранских языках. В самой фамилии нет указания на сословие: её могли получить и потомки духовных авторитетов, и простые горцы, чей предок носил прозвище Суфишо.