Фамилия Супоини — нечастый случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянской, а в финно-угорской среде. В основе лежит карельское или вепсское слово «suo» — «болото». Вторая часть, «poika» (или «poigu»), означает «сын» или «мальчик». Таким образом, Супоини — это буквально «сын болота». Прозвище могли дать человеку, жившему у болота, на болотистой почве, или тому, кто промышлял на болотах — собирал ягоды, косил осоку, добывал руду.

Модель образования фамилии — отчество на -ини, что характерно для прибалтийско-финских фамилий, которые в XIX веке русифицировались. Исходная форма звучала как Супойка или Супойки, а затем при записи в метрические книги или при переписях получила русский суффикс -ин, который в женском роде даёт окончание -ина. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Супои́ни.

Географически фамилия привязана к территориям бывшей Олонецкой губернии, югу Карелии и Ленинградской области — местам расселения карел и вепсов. Встречается она редко, что указывает на локальное происхождение: носители, вероятно, происходят из одной деревни или небольшой группы поселений. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то здесь нет прямых аналогов в русском языке, но можно вспомнить карельские фамилии вроде Суонио или Суониеми (от «suo» + «niemi» — мыс), где корень тот же.

В сословном плане предки Супоини были, скорее всего, государственными крестьянами — не крепостными, а свободными землепашцами или рыбаками, что типично для карельского Севера. Никаких сведений о дворянских корнях или известных исторических личностях с этой фамилией нет, и это нормально: фамилия крестьянская, сохранившая редкую этническую основу.