Фамилия Сусекля — редкая, и её происхождение сразу ставит перед исследователем несколько загадок. В русском языке нет слова «сусекля», а суффикс -ля нехарактерен для славянских фамилий. Поэтому логичнее всего искать корни не в русской, а в другой языковой среде.

Наиболее вероятная версия — литовское или белорусское происхождение. В литовском языке есть слово susekti, что означает «выследить», «выслеживать», а также suseklys — «сыщик», «соглядатай», «шпион». Фамилия могла образоваться от прозвища Сусекля, которое дали человеку с острым зрением, внимательному или тому, кто занимался розыском. Суффикс -ля в литовских фамилиях встречается, хотя и редко, и мог адаптироваться в русской среде. Альтернатива — польское или западно-белорусское слово «сусек» (закром, ларь для зерна), но тогда ожидалась бы форма Сусеков или Сусецкий. Форма Сусекля скорее указывает на прозвищное, а не на топонимическое происхождение.

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского корня, например, от «сюсюк» (кость) или «сюсек» (острый, колкий). Однако в этом случае фамилия должна была бы сохранить характерные тюркские суффиксы.

География фамилии подтверждает балтскую версию. Большинство носителей Сусекля встречаются в западных регионах России (Псковская, Смоленская области) и в Беларуси — исторических зонах контакта славянских и балтских языков. Фамилия могла появиться в результате переселения литовских крестьян или шляхты на восток.

Сословная принадлежность предков неясна. Если прозвище означало «сыщик», носитель мог быть служилым человеком или стражником. Если же корень связан с «сусеком» — то крестьянином или мельником. Но точных данных нет. Фамилия не входит в списки русских дворянских родов и не упоминается в дореволюционных справочниках.

В современном русском языке фамилия склоняется по мужскому роду (Сусекля, Сусекли, Сусекле), женская форма не изменяется. Написание с буквой «е» в первом слоге — единственное зафиксированное, вариант «Сусякля» ошибочен.