Фамилия Сусейкина — женская форма мужской фамилии Сусейкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Сусейка. Это уменьшительная форма от Суса, которое, в свою очередь, могло быть сокращением от канонического имени Сусанна (от древнееврейского «лилия»). В русской традиции такие усечённые имена (Сусанна → Суса → Сусейка) были обычным явлением: их давали в быту, а потом они закреплялись за потомками.

Суффикс -ейк- в основе Сусейка — характерный для севернорусских и некоторых среднерусских говоров. Он образует ласкательные или уменьшительные формы личных имён и прозвищ. Сравните: Васейка (от Василий), Митрейка (от Дмитрий). Поэтому фамилия Сусейкин — типичное «отчество второго порядка»: сначала было имя Сусейка (сын Суса), а затем от него образовали фамилию по модели -ин, указывающую на принадлежность: «чей?» — Сусейкин, то есть сын Сусейки.

Версия с иноязычным происхождением маловероятна. Фамилия не похожа на тюркские или финно-угорские основы, а суффикс -ейк- — исконно русский. Географически фамилия Сусейкины встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Вологодской губерниях, что подтверждает её севернорусские корни.

Таким образом, предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных регионов, а саму фамилию они получили по имени или прозвищу родоначальника Сусейки, которое звучало ласково и обиходно.