Фамилия Свамалонов — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию ни через русские, ни через распространённые заимствованные корни. В ней нет привычных суффиксов -ин, -ский, -их, а суффикс -ов указывает на то, что перед нами типичная русская патронимическая модель: «чей?» — Свамалонов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Свамалон.

Главная загадка — само прозвище Свамалон. В русских говорах и древнерусском языке слово «свама» не фиксируется. Возможно, это искажённое или переосмысленное заимствование. Самая правдоподобная версия — связь с греческим именем Свамалон или Свамал, которое могло попасть в русскую среду через церковные круги или через греческое купечество. В греческом языке существует имя Σβάμαλος (Svámalos), которое могло быть записано на слух как Свамалон. В таком случае фамилия означает «потомок грека Свамала».

Вторая версия — искусственное или книжное происхождение. В XVIII–XIX веках в семинариях нередко давали фамилии по латинским или греческим словам. Например, от латинского «suavis» (сладкий, приятный) или греческого «σώμα» (тело) с добавлением суффикса -лон. Однако ни одна из этих гипотез не даёт чистого корня «свамалон» без натяжек.

Третья, самая слабая версия — связь с тюркскими языками, где «су» — вода, а «мал» — скот, но сочетание «свама» не встречается ни в одном из тюркских диалектов. Поэтому эта гипотеза маловероятна.

Из-за редкости фамилии и неясной этимологии точных сведений о сословии первых носителей нет. Можно предположить, что предки Свамалоновых были либо людьми духовного звания (если фамилия семинарская), либо выходцами из южных регионов, где было сильнее греческое влияние. Географически фамилия встречается единично, в основном в центральной России, что подтверждает её позднее и, вероятно, искусственное происхождение.