Фамилия Таймакова — женская форма фамилии Таймаков, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром. Основа фамилии — мужское личное имя или прозвище Таймак. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «таймак» имеет несколько значений: «жеребёнок» (обычно годовалый), а также «упрямец», «непослушный». Скорее всего, прозвище Таймак давали либо человеку, который по характеру напоминал строптивого жеребёнка — норовистого, своенравного, либо, в переносном смысле, молодому, ещё не обретшему степенности парню.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Таймак- добавляется русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Такая модель была распространена в XVI–XIX веках, когда русские писцы и священники «обрусевали» инородческие имена и прозвища для записи в метрических книгах и ревизских сказках. Поэтому фамилия Таймаков/Таймакова — не исконно русская, а возникшая в среде крещёных татар, башкир, мишарей или других тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Географически фамилия Таймакова наиболее характерна для Татарстана, Башкортостана, Оренбургской и Челябинской областей. В этих регионах и сегодня можно встретить немало носителей этой фамилии, что подтверждает её корни в тюркской ономастике. Сословно предки Таймаковых чаще всего были государственными крестьянами или тептярями (сословие в Башкирии, близкое к крестьянам, но с особым статусом), реже — служилыми татарами.

Существует и альтернативная, менее правдоподобная версия, что фамилия произошла от названия реки Таймак (приток Белой) или населённого пункта Таймаково. Однако в ономастике принято считать, что фамилии от топонимов образуются через суффикс -ский (например, Таймаковский), а не через -ов. Поэтому версия с личным именем или прозвищем — основная и наиболее обоснованная.